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病毒具有各自偏好的复制位置，疫苗接种途径应根据这些偏好进行调整。因为包括疫苗株在内的传染性支气管炎病毒易于在呼吸道粘膜中复制，所以传支活疫苗的接种方法是点眼或喷雾。此外疫苗效力会受到免疫操作质量的极大影响，这一点同样重要。要知道所有可选择的方法都有其优点和局限性，在使用前要加以考虑。
点眼
以点眼的方式接种疫苗被认为是使用传统呼吸道病活疫苗最有效和最精确的方法，因为它是对每只鸡单独接种的。然而，点眼需要大量的人工操作，从而比群体疫苗接种要慢得多。因此，滴眼往往局限于小规模鸡群或劳动力方便又便宜的区域。
在通过点眼方式接种传支疫苗后，疫苗首先会刺激哈德氏腺（HG），然后进入鼻 - 泪管中再向下进入鸡的口腔。接着疫苗会被吞入消化道或吸入呼吸道，进一步刺激呼吸道的免疫细胞。哈德氏腺和鼻腔粘膜将产生能够中和IB病毒的局部抗体（IgA）。
接种时应该注意确保疫苗溶液不要从眼睛上滚落。因此操作者要小心地保护鸡只，在鸡通过眨眼使得液滴消失之前不要放开它。这对于疫苗接种的成功至关重要。为了验证免疫操作是否正确和疫苗的覆盖率，可以在稀释中混入蓝色染料，以便将鸡的舌头染色。对5％的鸡进行检查以了解鸡群疫苗接种质量。
喷雾免疫
以喷雾的方式接种疫苗可以在孵化场或农场进行。在孵化场，箱式喷雾器是最常用的IB免疫设备。这种设备也可用于其他呼吸道疫苗，如ND或禽偏肺病毒疫苗。然而，现在出现了使用扁平喷嘴，产生均匀液滴而且在雏鸡盒分布更好的喷雾器。这种喷雾器正在取代传统的箱式喷雾器。如果要在农场喷雾，可以买到用于粗喷、细喷甚至雾化的便携式喷雾设备。
在免疫操作正确的前提下，喷雾被认为是一种针对IB非常有效的群体免疫方法。因为喷雾免疫会诱导上呼吸道的局部免疫，从而预防或减少粘膜表面的感染并进而阻止病毒侵入全身组织。由于呼吸道是IBV的主要入口，这种快速局部免疫机制构成了抵御感染的第一道防线。
然而，喷雾接种有其自身的缺点，例如接种后的副反应，特别是当使用毒力较强的疫苗株和/或非常小的雾滴的时候。另一个关键点与疫苗对鸡群的覆盖率有关（有效接种疫苗的鸡的比例）。如果覆盖率很低，可能会发生滚动感染，结果是疫苗接种后发生很强的副反应。当对多层笼养鸡中的中间层进行喷雾免疫时，很容易出现覆盖率不良的问题。
确保适当疫苗覆盖率的另一个关键点是将鸡集中于鸡舍的一定区域内。如果不采取这一措施，喷出的疫苗溶液将落在地面上而不会刺激免疫系统。
饮水免疫
饮水免疫可能是家禽业最常用的免疫方法，因为人们普遍认为这种免疫方式省时省力且易于操作。然而，饮水免疫具有明显的缺点。很多因素都可能会导致IBV被灭活，包括水中的杂质、洗涤剂和消毒剂，环境温度过高等。甚至用于饮水的管道和容器材料（例如金属）都可能会灭活IBV。
此外，疫苗溶液的均匀分布，足够的水位和正确的饮水时间对于达成可接受的饮水免疫结果都是必不可少的。但是，这些条件并不容易实现。Banhidi（2012）曾使用蓝色的氯中和剂来跟踪监测通过饮水免疫有效接种的肉鸡的比例，其结论是：27％的鸡根本没有喝到疫苗溶液。
为了监测并改进饮水免疫的质量，可以在饮水免疫时使用免疫宝。免疫宝中含有蓝色染料和硫代硫酸钠，前者用于监测免疫质量，后者用于中和水中的残余氯。最后，必须记住，饮水免疫不是传支的首选免疫方法。因为传支病毒相当脆弱，而且饮水免疫也不是诱导必要的粘膜免疫和细胞免疫的最佳途径。
