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1、组织目标不同。农民专业合作社不以营利为目的，谋求全体成员共同利益，是一种互助新经济组织；公司以营利为目的，追求股东利益最大化。
2、分配方式不同。农民专业合作社以惠顾分配为主；而公司按资本比例分配。
3、政策扶持力度不同。国家对农民专业合作社从财政、金融、税收等方面给于一系列优惠政策；而公司这方面优惠较少。
4、两者的主体不同。农民专业合作社以农民为主体，农民占到全体成员80%以上；而公司只要具有完全民事行为能力的自然人和法人就行。
5、出资要求不同。合作社未设门槛，可以出资也可以不出资，由章程自行决定；公司出资人的出资额有最低法律限制和要求。
6、决策方式不同。农民专业合作社是一人一票制，实行民主管理；公司注重资本决策，按照出资比例行使表决权。
7、退出方式不同。农民专业合作社退社自由，并退还出资额和属于个人的积累；公司一般不能退还出资额，只能转让。
8、从事行业不同。农民专业合作社从事农业或农业服务；公司从事的行业只要经过批准不论哪一行。
